燻蒸處理可以分為二種施工方式，分別是貨櫃燻蒸、害蟲燻蒸處理。燻蒸處理必須多方專業知識結合、及有安全意識，實際的經驗；遵守使用說明與專屬技術，始可達成效果。

害蟲燻蒸處理：一次可同時消滅數種害蟲，燻蒸劑在常溫、壓可揮發成氣態穿透各種微小隙縫、裂縫，無孔不入，特別對倉庫害蟲，積穀害蟲及蛀蟲等傢俱害蟲，現今二氧化碳、磷化氫、亞硫酸氟、溴化甲烷在燻蒸市埸上為燻蒸處理之主流。

貨櫃燻蒸處理：在裝運前處理中佔大宗，其它如：木箱處理及外銷木材、竹、籐、草製品之燻蒸處理；係依進口國要求處理（該國要求燻蒸之規定文件），主要輸出國為澳洲、紐西蘭、加拿大及日本等。此外近年亦使用於輸日花卉燻蒸、進口雜糧燻蒸。